EDI證有效期5年，取得證照后第二年開始，每年1-3月到頒發機構辦理年檢，如沒有按時年檢或有違規和虛假性者，通信管理局將吊銷該公司的EDI許可證，并且3年內不可以再次申辦。

EDI許可證注銷是指原有EDI許可證未到或者已到5年期限，EDI許可證持證公司因業務因素而不在需要使用該證書，就需要向主管部門提交注銷申請。